Bardejovské kúpele patria medzi špičku slovenského kúpeľníctva s dlhoročnou tradíciou. Prvá písomná zmienka o kúpeľoch pochádza už z roku 1247, väčší rozmach kúpeľov nastal v prvej polovici osemnásteho storočia. V šesťdesiatych rokoch 18. storočia pribudli prvé murované budovy a to je považované za oficiálny vznik kúpeľov. Isté je, že ľudia poznali veľmi skoro liečivé účinky minerálnych vôd, o ktorých sa mohli sami presvedčiť.
Do 15. storočia niet o nich presných správ. Dobrá povesť sa však rýchlo šírila, preto v roku 1505 vybudovali kabíny na kúpanie chorých, ktorí dochádzali zo širokého okolia. V roku 1777 postavili v blízkosti prameňov murovanú budovu s dvanástimi izbami pre pohodlie chorých. Liečivé výsledky prilákali maďarskú i poľskú šľachtu, čo malo veľký význam pre rozvoj kúpeľov.
Chýr o kúpeľoch sa rozšíril do celej Európy a preto okrem návštevníkov z blízkeho okolia, ktorí navštevovali kúpele krátkodobo, väčšina hostí trávila v kúpeľoch tri až šesť týždňov. Boli medzi nimi i významné osobnosti ako rakúsko-uhorský cisár Jozef II. (1783), Mária Lujza, neskoršia manželka cisára Napoleona (1809), ruský cár Alexander I. (1821), poľská kráľovná Mária Kazimiera Sobieska, manželka poľského kráľa Jána III. Sobieského a v roku 1895 sa tu dokonca liečila manželka Františka Jozefa I. cisárovná Alžbeta, nazývaná Sissi, ktorej socha sa vyníma v kúpeľnom parku.
V prvej polovici 19. storočia zaznamenali Bardejovské Kúpele najväčší rozkvet. V krátkom čase sa postavil nový priestranný kúpeľný dom a niekoľko obytných budov. V tomto období sa využívalo už 13 minerálnych prameňov.
Zásluhou kvalitných a liečebne účinných prírodných zdrojov, čarokrásnemu prírodnému prostrediu a vysokej úrovni komplexnej liečby sú kúpele v súčasnosti vyhľadávané domácimi i zahraničnými turistami a majú pred sebou sľubnú a bohatú budúcnosť.